총장
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- 고등교육혁신원
- 윤리인권위원회
- 글로벌사회공헌원
- 총장실
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- 교학부총장
- 행정•대외부총장
- 의무부총장
- 미래캠퍼스부총장
- 국제캠퍼스부총장
- 연구본부장
하위기관
원주행정기관
- 원주교목실 원주기획처 원주교무처
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- 원주연구처 원주총무처
대학
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대학원
- 정경·창업대학원
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부속기관
- 원주대학교회 원주생활관 원주박물관 매지방송국
- 연세춘추(원주) 원주사회복지센터 건강관리센터 원주학술정보원
- 원주방사선안전관리센터 인재개발원/대학일자리사업단 실험동물실
부속교육기관
- 국제교육원 사회교육개발원
- 원주교육연수원 학부교육원
기타기관
- 국제개발(ODA)센터 원주학생군사교육단
- 연세-가나안교육센터 예비군연대
부설연구기관
대학교부설연구소
- 빈곤문제국제개발연구원
- 바이오메디칼웰니스융합연구원
대학간연구소
- 근대한국학연구소
대학부설연구소
- 에코문화디자인연구소
- 기초과학연구소
- 환경과학기술연구소
원주산학협력단
원주산학협력선도대학사업단(LINC)
원주대학자율역량강화지원(ACE+)사업단
원주의료원
- 원주의과대학
- 원주세브란스기독병원
